Giải quyết khiếu nại về thuế là thủ tục hành chính do cơ quan có thẩm quyền tiến hành nhằm xem xét, phản hồi các khiếu nại của người nộp thuế liên quan đến quyết định hành chính, hành vi hành chính trong lĩnh vực thuế. Đây là cơ chế bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế khi cho rằng quyền lợi của họ bị xâm phạm bởi các quyết định hoặc hành vi của cơ quan thuế, công chức thuế.
Quy trình giải quyết khiếu nại về thuế thường bao gồm các bước cơ bản: tiếp nhận đơn khiếu nại, thụ lý và xác minh nội dung khiếu nại, tổ chức đối thoại (nếu cần), ra quyết định giải quyết khiếu nại và thông báo kết quả bằng văn bản cho người khiếu nại. Thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu không quá 30 ngày kể từ ngày thụ lý; trường hợp phức tạp có thể kéo dài nhưng không quá 60 ngày đối với khiếu nại về thuế. Người khiếu nại có quyền khiếu nại lần hai nếu không đồng ý với quyết định giải quyết lần đầu hoặc khi hết thời hạn mà không được giải quyết. Trong suốt quá trình này, người khiếu nại có quyền rút khiếu nại, cung cấp thông tin, tài liệu, được tống đạt, niêm yết công khai và bảo đảm các quyền bảo vệ theo quy định pháp luật.
Một doanh nghiệp tại Thành phố Hồ Chí Minh bị cơ quan thuế truy thu thuế giá trị gia tăng với số tiền 500 triệu đồng sau khi thanh tra, nhưng doanh nghiệp cho rằng kết luận thanh tra chưa phản ánh đầy đủ các khoản thuế đầu vào hợp lệ. Trong trường hợp này, doanh nghiệp có quyền gửi đơn khiếu nại đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để yêu cầu xem xét lại và tạm dừng thi hành quyết định trong thời gian giải quyết. Trong hoạt động ngân hàng, khi khách hàng doanh nghiệp gặp tranh chấp về thuế ảnh hưởng đến dòng tiền và khả năng trả nợ, nhân viên tín dụng thường phối hợp tư vấn thời hiệu, thủ tục khiếu nại và hỗ trợ thu thập bằng chứng để khách hàng bảo vệ quyền lợi hợp pháp.
Việc giải quyết khiếu nại về thuế hiện hành được điều chỉnh chủ yếu bởi Luật Khiếu nại năm 2011, Luật Quản lý thuế năm 2019 (đã được sửa đổi, bổ sung năm 2020) cùng các văn bản hướng dẫn thi hành. Điều 142 Luật Quản lý thuế năm 2019 quy định cụ thể về giải quyết khiếu nại về thuế, trong đó phân định rõ thẩm quyền giải quyết giữa cơ quan thuế các cấp và quyền khởi kiện tại Tòa án hành chính. Ngoài ra, Nghị định 33/2015/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Khiếu nại và các Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế cũng quy định chi tiết về hồ sơ, biểu mẫu, trình tự thủ tục khiếu nại cụ thể.
Đối với người ôn thi ngân hàng, cần phân biệt rõ ba khái niệm thường gây nhầm lẫn: khiếu nại về thuế (thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan hành chính nhà nước), tố cáo về thuế (liên quan đến hành vi vi phạm của công chức thuế) và tranh chấp về thuế (thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án hành chính). Thời hiệu khiếu nại là 90 ngày kể từ ngày nhận được quyết định hoặc biết hành vi hành chính bị xâm phạm; thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu tối đa 30 ngày và tối đa 60 ngày đối với trường hợp phức tạp. Một điểm quan trọng khác là kết quả giải quyết khiếu nại về thuế có giá trị thi hành và người khiếu nại có quyền khởi kiện tại Tòa án hành chính nếu không đồng ý với quyết định giải quyết lần hai hoặc quá thời hạn không được giải quyết.