Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư là hình thức Nhà nước hoàn trả phần thuế giá trị gia tăng đầu vào mà doanh nghiệp đã nộp trong quá trình mua sắm tài sản, hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho dự án đầu tư mới. Đây là chính sách ưu đãi tài chính quan trọng, giúp giảm gánh nặng chi phí ban đầu cho các doanh nghiệp đang trong giai đoạn xây dựng, lắp đặt và chuẩn bị đưa dự án vào vận hành khi chưa phát sinh doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ.
Cơ chế hoạt động của chính sách hoàn thuế GTGT dự án đầu tư được áp dụng cho các dự án đầu tư mới, có quyết định chủ trương đầu tư hoặc giấy phép đầu tư theo quy định. Khi doanh nghiệp mua nguyên vật liệu, máy móc thiết bị, thuê nhà thầu xây dựng hoặc sử dụng các dịch vụ khác cho dự án, khoản thuế GTGT đầu vào này được cộng dồn qua các kỳ khai thuế. Nếu tổng số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp có quyền lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế quản lý dự án. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm tờ khai thuế GTGT, hóa đơn, chứng từ mua hàng, hợp đồng và các giấy tờ chứng minh tính hợp pháp của dự án đầu tư. Cơ quan thuế tiến hành xác minh, kiểm tra hồ sơ trước khi ra quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp.
Ví dụ thực tế tại Việt Nam, một doanh nghiệp FDI đầu tư xây dựng nhà máy sản xuất linh kiện điện tử tại Khu công nghiệp Thăng Long, Hà Nội với tổng vốn đầu tư khoảng 1.200 tỷ đồng. Trong 18 tháng xây dựng, doanh nghiệp đã nhập khẩu dây chuyền máy móc, mua nguyên vật liệu xây dựng và thuê các nhà thầu phụ với tổng thuế GTGT đầu vào lên tới 85 tỷ đồng. Do nhà máy chưa đi vào hoạt động sản xuất nên chưa có doanh thu, doanh nghiệp đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định. Sau khi hoàn tất thủ tục kiểm tra tại trụ sở, doanh nghiệp được hoàn lại toàn bộ số thuế GTGT đầu vào, giúp tái sử dụng nguồn vốn cho hoạt động sản xuất sau khi dự án hoàn thành.
Cơ sở pháp lý chính gồm Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (được sửa đổi, bổ sung năm 2013 và 2016), Nghị định 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT, Nghị định 100/2016/NĐ-CP ngày 01/07/2016 sửa đổi bổ sung Nghị định 209/2013/NĐ-CP. Ngoài ra còn có Thông tư 219/2013/TT-BTC, Thông tư 26/2015/TT-BTC và Thông tư 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành và quản lý thuế GTGT. Điều kiện hoàn thuế được quy định cụ thể tại Khoản 3 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP sửa đổi Điều 19 Nghị định 209/2013/NĐ-CP.
Người ôn thi ngân hàng cần lưu ý phân biệt rõ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư với hoàn thuế cho doanh nghiệp xuất khẩu, hoàn thuế cho dự án ODA và hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần. Ba điều kiện cốt lõi cần nhớ gồm: dự án phải là dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, và chưa phát sinh doanh thu. Ngưỡng thuế đầu vào lũy kế tối thiểu 300 triệu đồng là mức bắt buộc để được xét hoàn. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thường từ 6 đến 40 ngày làm việc tùy theo trường hợp hoàn thuế trước hoặc sau kiểm tra.