Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế (Desk Tax Audit) là một hình thức kiểm tra thuế do cơ quan thuế thực hiện ngay tại trụ sở làm việc của mình, không cần cử đoàn kiểm tra đến trụ sở của người nộp thuế. Hình thức này nhằm xác minh tính trung thực, chính xác của hồ sơ khai thuế, đánh giá việc tuân thủ nghĩa vụ thuế của người nộp thuế trong một khoảng thời gian nhất định. So với thanh tra thuế và kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, hình thức này có phạm vi thu hẹp hơn và thời gian thực hiện ngắn hơn, thường tập trung vào một số sắc thuế hoặc một số vấn đề cụ thể.
Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện theo trình tự cơ bản sau: Trước hết, cơ quan thuế lựa chọn người nộp thuế để kiểm tra dựa trên phân tích rủi ro, thông tin từ cơ sở dữ liệu nội bộ hoặc các dấu hiệu bất thường trong hồ sơ khai thuế. Tiếp đó, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra và gửi đến người nộp thuế, đồng thời yêu cầu cung cấp các hồ sơ, tài liệu, sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ, hợp đồng kinh tế liên quan đến nghĩa vụ thuế. Người nộp thuế có trách nhiệm gửi hoặc mang đến các tài liệu theo yêu cầu trong thời hạn quy định, kết hợp với giải trình khi cần thiết. Sau khi kiểm tra, cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra, ban hành kết luận kiểm tra và xử lý các vi phạm (nếu có) bằng cách truy thu thuế, phạt chậm nộp và phạt vi phạm hành chính về thuế. Thời hạn kiểm tra tối đa là 30 ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định kiểm tra và có thể được gia hạn trong một số trường hợp đặc biệt theo quy định.
Trong thực tế tại Việt Nam, một công ty có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) hoạt động trong lĩnh vực sản xuất tại Khu công nghiệp có tỷ lệ khấu trừ thuế VAT đầu vào cao bất thường so với doanh thu có thể bị Cục Thuế tỉnh chọn kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Doanh nghiệp sẽ nhận quyết định kiểm tra và được yêu cầu nộp các tờ khai thuế, báo cáo tài chính, hóa đơn đầu vào - đầu ra trong vòng một đến hai năm gần nhất. Nếu phát hiện doanh nghiệp khai khống chi phí hoặc sử dụng hóa đơn không hợp lệ, cơ quan thuế sẽ ban hành quyết định truy thu số thuế thiếu, đồng thời áp dụng phạt chậm nộp 0,03%/ngày và tiền phạt vi phạm hành chính. Trong lĩnh vực ngân hàng, các ngân hàng thương mại, công ty chứng khoán, quỹ đầu tư cũng thường xuyên chịu sự kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế liên quan đến thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế VAT, thuế thu nhập cá nhân và các khoản thuế khấu trừ tại nguồn.
Về khung pháp lý, hình thức kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế được quy định tại Điều 91 Luật Quản lý thuế năm 2019 (Luật số 38/2019/QH14), cùng với các văn bản hướng dẫn thi hành như Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế. Bên cạnh đó, Thông tư 40/2021/TT-BTC ngày 01/06/2021 của Bộ Tài chính cũng cung cấp các hướng dẫn cụ thể liên quan đến trình tự, thủ tục kiểm tra thuế và quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết. Các quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế được áp dụng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Người nộp thuế cũng cần lưu ý các quy định về thời hiệu kiểm tra thuế tối đa 5 năm, hoặc 10 năm đối với hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm.
Một số lưu ý quan trọng cho người ôn thi ngân hàng: Thứ nhất, cần phân biệt rõ ba hình thức kiểm tra - thanh tra thuế bao gồm: kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế và thanh tra thuế, mỗi hình thức có phạm vi, thời hạn và căn cứ pháp lý riêng. Thứ hai, nắm vững thời hạn kiểm tra: tối đa 30 ngày làm việc đối với kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế; trong khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế tối đa 45 ngày và thanh tra thuế tối đa 90 ngày làm việc. Thứ ba, cần nhớ công thức tính tiền chậm nộp thuế 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính từ 1 đến 3 lần số thuế trốn tùy theo mức độ vi phạm. Thứ tư, hiểu rõ quyền khiếu nại, tố cáo của người nộp thuế đối với kết luận kiểm tra thuế trong trường hợp không đồng ý. Việc nắm vững những điểm này sẽ giúp người học dễ dàng xử lý các câu hỏi về thuế trong các kỳ thi nghiệp vụ ngân hàng và chứng khoán.