Phương pháp trực tiếp trên VAT là một trong hai phương pháp tính thuế giá trị gia tăng được quy định trong hệ thống pháp luật thuế Việt Nam, áp dụng cho các đối tượng không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán. Theo phương pháp này, số thuế GTGT phải nộp được xác định bằng tỷ lệ phần trăm (%) nhân với doanh thu tính thuế GTGT trong kỳ tính thuế, thay vì tính theo công thức truyền thống (VAT đầu ra trừ VAT đầu vào được khấu trừ).
Cụ thể, công thức tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên VAT là: Số thuế GTGT phải nộp = Tỷ lệ thuế GTGT (%) × Doanh thu tính thuế GTGT. Tỷ lệ thuế được quy định cụ thể theo ngành nghề, phổ biến là 1% đối với hoạt động mua bán vàng, bạc, đá quý và 5% đối với các hoạt động kinh doanh khác thuộc diện áp dụng. Doanh thu tính thuế là doanh thu bao gồm thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bán ra trong kỳ tính thuế, được xác định theo từng lần phát sinh hoặc theo kỳ kê khai. Đối tượng áp dụng bao gồm hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có quy mô nhỏ, doanh nghiệp không thực hiện đầy đủ chế độ kế toán hóa đơn chứng từ, và một số trường hợp đặc thù như hoạt động cho thuê tài sản, kinh doanh dịch vụ môi giới, đại lý. Phương pháp này có ưu điểm là đơn giản, dễ tính toán, không yêu cầu hệ thống sổ sách kế toán phức tạp, phù hợp với đối tượng kinh doanh nhỏ lẻ và không có khả năng quản lý hóa đơn đầu vào.
Trong thực tế ngân hàng Việt Nam, phương pháp trực tiếp trên VAT được áp dụng chủ yếu cho các cá nhân, tổ chức có phát sinh giao dịch với ngân hàng nhưng không đủ điều kiện khấu trừ thuế. Ví dụ, khi một hộ kinh doanh cá thể mở tài khoản thanh toán tại ngân hàng thương mại và phát sinh các khoản phí dịch vụ (phí chuyển tiền, phí quản lý tài khoản), ngân hàng sẽ tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với dịch vụ cung cấp. Tuy nhiên, khi ngân hàng mua các dịch vụ từ cá nhân kinh doanh không có hóa đơn đầu vào hợp lệ (như thuê văn phòng từ cá nhân, dịch vụ tư vấn từ hộ kinh doanh), ngân hàng phải chịu thuế theo phương pháp trực tiếp. Bên cạnh đó, các chi nhánh ngân hàng tại địa phương khi cung cấp dịch vụ cho hộ kinh doanh nhỏ lẻ cũng cần phân biệt rõ phương pháp tính thuế để tư vấn khách hàng tuân thủ quy định pháp luật.
Về cơ sở pháp lý, phương pháp trực tiếp trên VAT được quy định tại Điều 13, Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng, và được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 119/2014/TT-BTC, Thông tư 151/2014/TT-BTC, Thông tư 26/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn liên quan. Nghị định 209/2013/NĐ-CP và Nghị định 91/2014/NĐ-CP cũng quy định chi tiết về đối tượng áp dụng. Thông tư 40/2021/TT-BTC hiện hành cập nhật một số điểm mới về thuế GTGT đối với hộ kinh doanh. Người học cần lưu ý phân biệt rõ với "phương pháp trực tiếp trên doanh thu" (áp dụng cho thuế TNCN hoặc tính thuế theo tỷ lệ trên doanh thu đối với một số trường hợp đặc biệt theo Luật Thuế TNCN), tránh nhầm lẫn trong các câu hỏi trắc nghiệm. Ngoài ra, cần ghi nhớ rằng phương pháp trực tiếp trên VAT khác hoàn toàn với phương pháp khấu trừ về công thức, đối tượng áp dụng và cách kê khai trên tờ khai thuế GTGT (tờ 01/GTGT đối với phương pháp khấu trừ).