Thanh tra toàn diện ngân hàng là hoạt động kiểm tra, giám sát của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (NHNN) đối với toàn bộ các mặt hoạt động của một tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, bao gồm tình hình tài chính, hoạt động tín dụng, huy động vốn, quản trị rủi ro, hệ thống công nghệ thông tin và việc tuân thủ các quy định pháp luật. Đây là công cụ quan trọng hàng đầu trong công tác thanh tra giám sát ngân hàng nhằm đánh giá toàn diện sức khỏe tài chính và mức độ an toàn hoạt động của các tổ chức tín dụng.
Theo quy định pháp luật, NHNN tiến hành thanh tra toàn diện thông qua Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng và các đơn vị chức năng. Quy trình thanh tra bao gồm các bước: xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm, thông báo trước hoặc thanh tra đột xuất, thu thập và phân tích tài liệu, làm việc trực tiếp tại trụ sở tổ chức tín dụng, đánh giá mức độ an toàn theo các tiêu chí Basel II, Basel III và quy định nội địa, sau đó lập biên bản và ra kết luận thanh tra. Kết quả thanh tra là căn cứ để NHNN yêu cầu tổ chức tín dụng khắc phục vi phạm, áp dụng các biện pháp xử lý, thậm chí thu hồi giấy phép trong trường hợp vi phạm nghiêm trọng. Khác với thanh tra chuyên đề chỉ tập trung vào một lĩnh vực cụ thể, thanh tra toàn diện đánh giá toàn bộ hoạt động của ngân hàng từ cấp chiến lược đến vận hành.
Ví dụ, trong giai đoạn 2011-2012, NHNN đã tiến hành thanh tra toàn diện nhiều ngân hàng thương mại cổ phần nhỏ, phát hiện các trường hợp cấp tín dụng vượt giới hạn, sở hữu chéo và vi phạm các tỷ lệ an toàn vốn, từ đó yêu cầu các ngân hàng này phải tái cơ cấu. Gần đây hơn, nhiều ngân hàng như SCB, VNCB hay các ngân hàng yếu kém đã bị thanh tra toàn diện dẫn đến việc áp dụng các biện pháp can thiệp sớm, đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt hoặc sáp nhập, chuyển nhượng. Kết quả thanh tra toàn diện cũng được sử dụng để xếp hạng các tổ chức tín dụng theo 5 nhóm (A, B, C, D, E) theo Chuẩn mực an toàn về phân loại tổ chức tín dụng.
Về cơ sở pháp lý, hoạt động thanh tra toàn diện ngân hàng được quy định tại Luật Ngân hàng Nhà nước Việt Nam 2010 (sửa đổi, bổ sung năm 2017), Luật Các tổ chức tín dụng 2010 (sửa đổi, bổ sung năm 2017), Thông tư số 40/2018/TT-NHNN quy định về công tác thanh tra, giám sát ngân hàng, Thông tư số 13/2018/TT-NHNN về hệ thống kiểm soát nội bộ và Nghị định số 88/2019/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tiền tệ và ngân hàng. Bên cạnh đó, Thông tư số 17/2018/TT-NHNN về chế độ báo cáo tài chính và Thông tư số 22/2019/TT-NHNN về các giới hạn, tỷ lệ đảm bảo an toàn hoạt động cũng là cơ sở quan trọng để đo lường mức độ tuân thủ của các tổ chức tín dụng trong quá trình thanh tra.
Đối với người ôn thi ngân hàng, cần phân biệt rõ ba khái niệm dễ nhầm lẫn: thanh tra toàn diện (đánh giá toàn bộ hoạt động), thanh tra chuyên đề (chỉ kiểm tra một lĩnh vực như tín dụng, ngoại hối, phòng chống rửa tiền) và giám sát từ xa (theo dõi liên tục qua báo cáo định kỳ). Ngoài ra, cần nắm vững nguyên tắc thanh tra, quyền hạn của đoàn thanh tra, các biện pháp xử lý sau thanh tra theo Luật Các tổ chức tín dụng, đặc biệt là quy trình can thiệp sớm, kiểm soát đặc biệt đối với tổ chức tín dụng yếu kém. Thanh tra toàn diện thường có chu kỳ từ 2-3 năm một lần đối với các ngân hàng thương mại và được coi là công cụ chủ đạo trong phòng ngừa rủi ro hệ thống ngân hàng Việt Nam.