Kiểm tra thuế theo hồ sơ khai thuế (còn gọi là kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế) là hình thức kiểm tra thuế mà cơ quan thuế thực hiện ngay tại trụ sở của mình, dựa trên việc xem xét hồ sơ khai thuế, sổ sách kế toán, chứng từ và các tài liệu liên quan do người nộp thuế đã nộp hoặc cung cấp theo quy định pháp luật. Hình thức này thường được áp dụng cho các doanh nghiệp, tổ chức có mức độ rủi ro tuân thủ thuế thấp, nằm trong kế hoạch quản lý thuế hàng năm của cơ quan thuế. Đây là một trong ba hình thức kiểm tra thuế được quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, bên cạnh kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế và thanh tra thuế chuyên ngành.
Theo quy trình quy định, cơ quan thuế tiến hành kiểm tra theo các bước cơ bản gồm: lập và phê duyệt kế hoạch kiểm tra, ban hành quyết định kiểm tra, gửi thông báo cho người nộp thuế trước khi kiểm tra ít nhất ba ngày làm việc, tiến hành xem xét hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế, sau đó ban hành kết luận kiểm tra và xử lý các vi phạm nếu có. Trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình, cung cấp bổ sung hồ sơ, tài liệu liên quan đến việc khai thuế, nộp thuế. Thời hạn kiểm tra thường không quá 30 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, có thể gia hạn trong một số trường hợp đặc biệt theo quy định. Ưu điểm của hình thức này là giảm thiểu sự phiền hà cho doanh nghiệp, tiết kiệm nguồn lực quản lý và tập trung nguồn lực kiểm tra vào các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao hơn.
Ví dụ, một công ty thương mại điện tử có trụ sở tại Hà Nội với doanh thu khoảng 80 tỷ đồng mỗi năm, nộp tờ khai thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp đầy đủ, không có dấu hiệu nợ thuế kéo dài, được cơ quan thuế đánh giá tuân thủ tốt thì có thể được đưa vào diện kiểm tra thuế theo hồ sơ khai thuế trong năm. Cán bộ thuế sẽ yêu cầu doanh nghiệp gửi tờ khai thuế, báo cáo tài chính, hóa đơn, chứng từ kế toán qua hệ thống thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế. Sau khi đối chiếu doanh thu kê khai với số liệu thực tế trên hóa đơn, nếu phát hiện doanh nghiệp khai thiếu doanh thu hoặc ghi chưa đúng chi phí hợp lý, cơ quan thuế sẽ ban hành kết luận yêu cầu truy thu thuế, tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm theo quy định.
Về căn cứ pháp lý, hình thức kiểm tra thuế theo hồ sơ khai thuế được quy định chủ yếu tại Luật Quản lý thuế năm 2019 (Luật số 38/2019/QH14), cụ thể tại Điều 95 quy định về các hình thức kiểm tra thuế và Điều 97 quy định về kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế. Các văn bản hướng dẫn thi hành gồm Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Thông tư số 61/2021/TT-BTC ngày 26/07/2021 hướng dẫn về kiểm tra thuế, thanh tra thuế và giải quyết khiếu nại về thuế (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 34/2023/TT-BTC). Ngoài ra, các quyết định của Tổng cục Thuế về phân loại rủi ro tuân thủ thuế và kế hoạch kiểm tra thuế hàng năm cũng là căn cứ quan trọng để xác định đối tượng và phạm vi áp dụng hình thức kiểm tra này.
Đối với người ôn thi ngân hàng - tài chính, cần lưu ý phân biệt rõ ba hình thức kiểm tra thuế gồm kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế (theo hồ sơ khai thuế), kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và thanh tra thuế chuyên ngành. Hình thức kiểm tra thuế theo hồ sơ khai thuế chỉ áp dụng cho đối tượng có rủi ro thấp, không yêu cầu doanh nghiệp phải ngừng hoạt động sản xuất kinh doanh, không gây gián đoạn lớn cho doanh nghiệp như kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Thời hạn kiểm tra không quá 30 ngày, kết luận kiểm tra phải được ban hành trong thời hạn quy định sau khi kết thúc kiểm tra. Nắm vững quy trình, đối tượng áp dụng và thời hạn kiểm tra giúp trả lời chính xác các câu hỏi trắc nghiệm trong kỳ thi chứng chỉ hành nghề, thi tuyển công chức thuế, thi CPA hoặc các chương trình đào tạo về tài chính kế toán.